תרגום חלבון מתוך רצף RNA, אחת הבעיות המרכזיות היא שקיימות 6 מסגרות קריאה אפשריות (3 בכיוון אחד ועוד 3 בכיוון ההפוך ב-DNA), ומתוכן רק אחת בדרך כלל מובילה ליצירת חלבון תקין. שאר המסגרות כוללות לרוב קודוני עצירה מוקדמים (stop codons), ולכן אינן מייצרות חלבון פונקציונלי. מציאת המסגרת התקינה היא אתגר חשוב בפענוח גנים.