לעכן הקטן רמת פעילות עונתית מחולקת לשניים, באמצע עונת הפעילות, בחודש יוני, רמת הפעילות הנמוכה ביותר. תופעה זאת אופיינית גם לנחשים אחרים הנפוצים בחולות המדבר בישראל.