בתהליך מעבר האלקטרון הלינארי שתי מולקולות מים תורמות ארבעה אלקטרונים העוברים בהמשך דרך ציטוכרום b6f. כמה פרוטונים ישאבו מהסטרומה אל הלומן בעזרת ארבעת האלקטרונים האלה.