. הפרדה של אוכלוסיות תאים שונות
לדוגמה: להבחין בין לימפוציטים, מונוציטים ונויטרופילים על בסיס FSC/SSC (Forward Scatter / Side Scatter – מדדים לגודל וגרנולריות).
או להבדיל בין CD4+ ל-CD8+ תאים T לפי ביטוי סמנים פלואורסצנטיים.
2. ניקוי רעשים או תאים לא רלוונטיים
סילוק תאים מתים (באמצעות סמני viability).
הסרת doublets (צמדים של תאים שנספרו כתא אחד).
התמקדות רק בתאים ספציפיים (למשל רק תאי CD45+ שהם תאי מערכת החיסון).
3. כימות תתי אוכלוסיות
מאפשרת למדוד כמה אחוז מכלל התאים שייכים לתת-אוכלוסייה מסוימת.
4. מעקב אחר ביטוי של סמנים ביולוגיים
למשל: לבדוק כמה תאים מבטאים IL-2 או IFN-γ לאחר גירוי, באוכלוסיית CD4+ T בלבד.