באיזו שיטה נעדיף להשתמש כשאנחנו צריכים להבדיל בין חלבונים בגודל דומה אך בהרכב חומצות שונה?

אשר רוצים להבדיל בין חלבונים בגודל דומה אך בהרכב חומצות אמינו שונה, יש צורך בשיטה שמפרידה גם לפי מטען וגם לפי גודל. SDS-PAGE רגיל מפריד רק לפי גודל (משקל מולקולרי), ולכן לא יספיק במקרה של חלבונים בגודל דומה. Size-Exclusion Chromatography גם היא מפרידה לפי גודל, לא לפי הרכב חומצות אמינו. קומסי בל (Chromatofocusing / Commassie Blue?) ייתכן והכוונה כאן לא ברורה — אבל אם הכוונה לצביעה כמו Coomassie Blue, זו רק שיטת צביעה ולא הפרדה. SDS-PAGE דו-ממדית (2D) כוללת: איזואלקטריק פוקוסינג (IEF) – הפרדה לפי pI (מטען כולל). SDS-PAGE – הפרדה לפי גודל.