ניתן לדעת את המיקום המדויק של המודיפיקציה
הסבר:
ב-Western blot ניתן לזהות נוכחות של חלבון מסוים ואף לבדוק אם יש לו מודיפיקציה מסוימת (כמו זרחון) באמצעות נוגדן ייחודי למודיפיקציה.
כמו כן, שינוי במסה יכול לרמז על מודיפיקציה, וניתן לבצע בדיקה חצי-כמותית לפי עוצמת הסיגנל.
אבל — לא ניתן לדעת את המיקום המדויק של המודיפיקציה על החלבון. לשם כך דרושות שיטות אחרות, כמו Mass Spectrometry.