חלבונים ממברנליים מכילים אזורים טרנס-ממברנליים הידרופוביים, כלומר אזורים שנמשכים לשומן ודוחים מים. זה גורם להם:
ליצור אגרגטים (צברים) בתמיסה מימית.
לא להתמוסס היטב, ולכן קשה לגבש אותם ליצירת גבישים איכותיים לקריסטלוגרפיה.
הקושי בגיבוש = קושי בניתוח קרני X = קושי בקביעת מבנה תלת־ממדי.