בייקון הדגיש את החשיבות של תצפיות וניסויים כבסיס לשיטה המדעית, כאשר כל מחקר או חקירה צריכים להתחיל מהניסיון הישיר ומההחושים האנושיים. הוא לא הסכים עם השערות לא מבוססות או חישובים מתמטיים בלבד, אלא טען שהמדע צריך להתחיל עם ניסיון אמיתי, מסודר ומעובד, ולאחר מכן להשתמש בהיגיון כדי להסיק מסקנות ולהבין את המידע. בייקון תיאר את השיטה המדעית כמנגנון שהולך שלב אחרי שלב, כמו הדלקת נר שמראה את הדרך, כלומר שההבנה המדעית צריכה להיות מונחית על ידי ניסיון אמיתי ולא על פי רעיונות תיאורטיים בלבד.