ציון חיובי במטריצת הציונים מעיד על כך שהסיכוי שקיימת קרבה אבולוציונית בין שתי חומצות אמינו הנמצאות זו מול זו בהשוואת רצפים גדול יותר מהסיכוי ששתי חומצות האמינו נמצאות זו מול זו במקרה.