במטריצות ציונים תלויות עמדה ,(PSSM) ערכים חיוביים גבוהים עשויים להצביע על חומצות אמינו פונקציונליות, למשל חומצות אמינו השייכות לאתר הפעיל או קשורות לאינטראקציות בינמולקולריות אחרות.