הסיבוכים המוקדמים של ניתוח מעקף קיבה הם:
חסימת מעיים
זיהום באזור הניתוח
דלף השקתי
דימום בדרכי העיכול
תסחיף ריאתי
דלקת ריאות
תסמונת הצניחה
תמותה
הסיבוכים המאוחרים של ניתוח מעקף קיבה:
חסימות מעי
בקע בצלקת הניתוחית
היצרות באזור ההשקה
התפתחות של כיב (אולקוס) בהשקה בין הכיס הקיבתי ללולאת המעי
מחסורים בויטמינים ומינרלים בעיקר B12, ברזל וסידן
אנמיה
שימו לב תשובה ב לא נכונה- התפתחות הכיב היא באזור ההשקה ולא בדואדנום