לפי ESPEN לפנקראטיטיס- לא ניתן להמליץ על מתן פרוביוטיקה בפנקראטיטיס אקוטית חמורה.
מתן פרוביוטיקה יעיל במקרים של שלשול עקב שימוש באנטיביוטיקה (התפתחות של קלוסטרידיום דפיצילי)
לפני נייר עמדה IBD : מחקרים הראו יעילות של VSL#3 /ויומיקס, תערובת פרוביוטית המכילה 8 זני חיידקים בשמירה על הפוגה בחולים עם קוליטיס כיבית
לפי מאמר ESPEN כבד- ניתן להשתמש בתוספי תזונה המכילים פרוביוטיקה או סינביוטיקה נבחרים לשיפור אנזימי כבד בחולי NAFL / NASH.