גם שמרים יכולים לשמש כפרוביוטיקה ולא רק חיידקים. ניתן להראות אפקטים מטיבים במקרים מסוימים גם במתן חיידקים פרוביוטיים מתים. הוכחה יעילות פרוביוטיקה בחיות למניעת מחלות מעיים כמו סלמונלה.