גנומיקה

Discuss, Learn and be Happy דיון בשאלות

• «
• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• »

מה לא יעזור לנו בזירה עם דנא פורנזי

-

1

+

שאלה #126638

		נעל
		שערה
		מסטיק לעוס
done		זכוכית נקייה ללא שימוש

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

מה החיסרון בשיטת ריצוף דור 2 short reads למשל אילומינה :

-

1

+

שאלה #126639

done		אורך קריאה מוגבל (בדרך כלל 50-300 bp).
done		קושי בפתרון אזורים חוזרים ונשנים של הגנום.
done		דורש כיסוי גבוה יותר להרכבת גנום מדויקת.
		מדוייק, חסכוני ונמצא בשימוש נרחב בצעשייה

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

מה החיסרון של רצף קריאה ארוך (לדוגמה, PacBio ואוקספורד Nanopore):

-

1

+

שאלה #126640

		פחות טוב בפתרון רצפים שחוזרים על עצמם
		יכול לזהות סוגים מסוימים של וריאנטים מבניים המאתגרים עבור פלטפורמות לקריאה קצרה.
done		דיוק נמוך יותר לבסיס בהשוואה לרצף קריאה קצר.
done		עלות גבוהה ודרישה לציוד

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

סמן משפטים נכונים עבור שיטת OLC

-

1

+

שאלה #126641

done		מזהה חפיפות בין קריאות ומסדר אותם על סמך חפיפות אלו כדי לייצר רצף קונצנזוס
done		קונצנזוס: יוצר רצף קונצנזוס מהקריאות המיושרות.
done		מתאים לנתוני רצף לקריאה ארוכה (למשל, PacBio, Oxford Nanopore).
done		יכול להתמודד טוב יותר עם אזורים שחוזרים על עצמם כאשר קריאה ארוכה זמינה.
done		מספק הרכבה רציפה יותר עם פחות פערים
mood		חסרונות: אינטנסיביות חישובית, דרידשה לזיכרון גדול יותר ועלול לא להצליח באזורים בעלי כיסוי נמוך

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

סמן את המשפטים הנכונים עבור שיטת De Bruijn Graph (DBG) Method:

-

1

+

שאלה #126642

done		מפרקים את הקריאה למקטעים קטנים יותר בגודל קבוע (k-mers).
done		בונה גרף שבו קודקודים מייצגים k-mers וקצוות מייצגים חפיפות של בסיסי k-1 בין k-mers.
done		רצף הגנום נבנה מחדש על ידי מציאת נתיב דרך הגרף.
done		מתאים לנתוני רצף בקריאה קצרה (למשל, Illumina).
done		יעיל מבחינה חישובית מOLC
done		חסרו שנאבק עם רצפי TE ובחירת גודל k-mer היא קריטית ויכולה להשפיע על איכות ההרכבה.

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

באיזה שיטה נשתמש לריצוף רצפים ארוכים

-

1

+

שאלה #126643

		DBG
done		OLC
		אילומינה

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

האם כיסוי הוא פרמטר לרמת ביטוי הגן

-

1

+

שאלה #126644

done		"כיסוי" מתייחס בדרך כלל למספר הפעמים שנוקלאוטיד ספציפי בגנום מסודר. כיסוי גבוה יותר פירושו שאזור מסוים בגנום עבר רצף פעמים רבות יותר, מה שיכול להגביר את האמון בנתוני הרצף של אותו אזור. ולכן הוא יכול לתת לנו מושג לרמות ביטוי הגן
		"כיסוי" מתייחס בדרך כלל למספר הפעמים שאינטרון ספציפי בגנום מסודר. כיסוי גבוה יותר פירושו שאזור מסוים בגנום עבר רצף פעמים בודדות , מה שיכול להוריד את האמון בנתוני הרצף של אותו אזור. ולכן הוא יכול לתת לנו מושג לרמות ביטוי הגן

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

מה נצפה לראות באוכלוסייה תחת סלקציה

-

1

+

שאלה #126645

sentiment_very_satisfied		Tajima נמוך
		שונות גנטית גדולה מאוד
		אחיזה גדולה
		LD גודל

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

אם נרצה לבחון את הגן של אורך שפם בכלבים איזה אוכלוסייה נקח אם אין לנו בעית כסף

-

1

+

שאלה #126646

		פנצ'רים
		פודלים
done		כלבים מכל מני מקומות (אוכלוסיה מגוונת)
		כלבים רק מאזור הגליל העליון

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

מה ההבדל בין פרלוגי לאורתולגי ?

-

1

+

שאלה #126647

done		אורתולוגיים הם גנים שמבצעים את אותה פונקציה במינים שונים בשל מוצא משותף בעוד שפרלוגיים הם גנים בתוך אותו מין שהתפתחו על ידי שכפול גנים. לאחר שכפול, גנים אלו יכולים להתפצל ולרכוש תפקודים חדשים או להתמחות בתפקודם המקורי.
		אורתולוגים הם גנים בתוך אותו מין שהתפתחו על ידי שכפול גנים. לאחר שכפול, גנים אלו יכולים להתפצל ולרכוש תפקודים חדשים או להתמחות בתפקודם המקורי בעוד שפרלוגים הם גנים שמבצעים את אותה פונקציה במינים שונים בשל מוצא משותף.
done		אורתולוגים הם גנים קשורים במינים שונים שהתעוררו עקב יצירת מין. פרלוגים הם גנים קשורים בתוך אותו מין שהתעוררו עקב שכפול גנים.
		פרלוגיים הם גנים קשורים במינים שונים שהתעוררו עקב יצירת מין. אורתולוגים הם גנים קשורים בתוך אותו מין שהתעוררו עקב שכפול גנים.

• gavel
• mood_bad
• share

הגב

מיין לפי דירוג חדש ישן

• «
• 1
• 2
• 3
• 4
• 5
• 6
• 7
• »