וירוס ליזוגני משלב את הגנום שלו לתוך הגנום של הפונדקאי.
כדי לצאת מהמצב הליזוגני ולעבור למסלול הליטי , הוירוס זקוק לחלבונים ספציפיים ומערכת בקרה פעילה.
אם מתרחשת מוטציה בגנום הויראלי שמנטרלת את האנזימים האחראיים על החיתוך והיציאה מהגנום , הוירוס מאבד את היכולת לצאת ומעגל החיים שלו נקטע – הוא "נכלא" והופך לחלק קבוע מגנום החיידק העובר מדור לדור.