מטפח ביצע הכלאה בין שני זני אגס ויצר אוכלוסיה של צאצאים. האללים של שני ההורים ידועים והם דומים באורכם. ידוע לו כי אחד מהאללים מכיל מוטציה לפוריות עצמית והוא מעונין לאפיין ולשמור רק צאצאים המכילים אלל זה. מהי הדרך הנכונה הפשוטה והמהירה ביותר לבצע זאת? ***לבדוק
ביוטכנולוגיה טה
מטפח ביצע הכלאה בין שני זני אגס ויצר אוכלוסיה של צאצאים. האללים של שני ההורים ידועים והם דומים באורכם. ידוע לו כי אחד מהאללים מכיל מוטציה לפוריות עצמית והוא מעונין לאפיין ולשמור רק צאצאים המכילים אלל זה. מהי הדרך הנכונה הפשוטה והמהירה ביותר לבצע זאת? ***לבדוק
1
| done | ||
ג - נכון - כדי לזהות במהירות ובדייקנות את הצאצאים המכילים את אלל המוטציה לפוריות עצמית, על המגדל לבצע השוואת רצף של ארבעת האללים ההוריים באמצעות CLOSTAL, עיצוב פריימרים לאלל מוטנטי מאזורים שמורים, PCR והפעלת ג'ל. השוואת רצפים באמצעות CLOSTAL תעזור למגדל לזהות קטעים של הגנום שנשמרים בין אללים הוריים לאלל מוטנטי. משם, ניתן לעצב פריימרים למקד לאתר המוטציה הספציפי, לנטר באמצעות PCR ולאמת באמצעות ריצת ג'ל. ביצוע CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) אינו הכרחי למשימה זו ורק יוסיף שלב נוסף.
מה אתם חושבים?
BLANST לא הכרחי פה..?
מיין לפי
מוניטין: 16
יאח האזורים השמורים נחשבים לאוניברסלים ולא ספציפים ואתה רוצנ למצוא בספצפיות את האלל המוטנט
מוניטין: 70
נראה לי שזה באמצעות CAPS, באמצעות שיטה זו אפשר לזהות מוטציות - מתבססת על SNP ואנזמי חיתוך. מרצים בג'ל את הרצפים להשוואה ואיפה שמקבלים שני בנדים - שם היה חיתוך - שם הייתה מוטציה.
לגבי תכנון פריימרים - נראה לי שצריך מאזורים שמורים, כי מצד אחד אתה רוצה את למצוא את האלל הספציפי, אבל מצד שני האללים דומים ויודעים באורכם אבל לא ידועה בדיוק המוטציה, לכן לא חושבה שאפשר לתכנן פריימר ספציפי לאלל מוטנט.
מוניטין: 16
אזורים עם הרבה כוכביות הם כנראה אזורים שמורים שניתן להכין מהם פריימרים אוניברסליים שישמשו לריצוף הגן ולעומת זאת אזורים עם מעט כוכביות הם אזורים לא שמורים שמהם ניתן לתכנן פריימר שהוא ספציפי לגן שלי (שכנראה כבר ריצפתי אותו) וכך להיות מסוגל להבדיל בין הגן שלי לגנים אחרים בעזרת PCR
זה ציטוט מתוך הסיכום של ביואינפורמטיקה בדרייב
ואני ירצה לדעתי דווקא למצוא את השונה בינהם....
מוניטין: 70
נשתמש בפריימרים אוניברסאליים כאשר לא יודעים בדיוק מה הרצף האמיתי ורוצים לוודא שנקבל תוצר בPCR .
נשתמש בפיירמרים ספציפיים (ספציפיים לאלל מסוים, לא לגן), נרצה לעשות את זה למשל כאשר עושים הכלאה בין שני זנים ויודעים מה האללים והרצפים שלהם ורוצים לבדוק איזה מהצאצאים מכיל את האלל S1, רוצים תשובה של כן ולא, עם פריימרים אוניברסליים מקבלים ריצוף של כולם (הרבה עבודה מיותרת), עם פריימרים ספציפיים רק מי שיהיה לו את האלל יתקבל תוצר בPCR ונוכל לקבל תשובה של כן ולא.
ציטוט מהקלטה של אמיר, עמי צודק
בקיצור לדעתי התשובה הנכונה: CLOSTA,תכנון פרימרים ספציפיים, PCR,הרצה בג'ל.
* השאלה נוספה בתאריך: 08-02-2023