אתר הקישור של נוגדן לאנטיגן מכיל:

אתר הקישור מורכב מ 3 אתרים hypervariable של השרשרת הקלה ועוד שלושה של השרשרת הכבדה. אם מסתכלים על כל מולקולת הנוגדן, הכוללת שני אתרי קישור ב IgG למשל, ניתן להגיע ל 12 אתרים hypervariable.