טיפול במחלת הcystinuria כולל:

הוספת חומרים מחזרים על מנת להפוך אותו מציסטין לציסטאין ובכך נמנע יצירת אבנים בכליות. שינוי PH של השתן על מנת שישנה מבנה ויהיה יותר מסיס