תופעות לוואי של מגנזיום כוללות בעצירות, הפרעות קצב (arrythmias), ולעיתים נדירות (במצבי חסר) היפוקלמיה, אבל בדרך כלל מגנזיום דווקא משמש לטיפול בהיפוקלמיה ולא גורם לה ישירות.
עצירות: מגנזיום יכול לגרום לעצירות או להקל עליה, בהתאם לסוג התרופה והמנה.
הפרעות קצב: מחסור במגנזיום עלול להביא להפרעות בקצב הלב.
היפוקלמיה: חוסר במגנזיום גורם להחמרה או קושי בטיפול בהיפוקלמיה, אך מגנזיום עצמו לא גורם לכך ישירות