השימוש בו נחלק לשניים: אחד לסריקה על פני השטח והשני למיקרוסקופיה חודרת, אפשר לראות את תוכן החיידק. משתמשים בזרם אלקטרונים שמגיע לאובייקט, נוגע בו וחוזר על פילם. מקבעים את החיידק, צורת החיידק נשארת אבל הוא לא חי. במיקרוסקופיה חודרת צריכים לחתוך את החיידק לפרוסות.