הבדיקה שתאפשר בסבירות גבוהה לזהות מומים בחוט השדרה במהלך הריון היא רמת חלבון עוברי (AFP) בדם האם או במי השפיר. רמות גבוהות של חלבון עוברי קשורות בסיכון מוגבר למומים פתוחים במערכת העצבים, כולל מומים בחוט השדרה כמו שדרה שסועה (Spina Bifida). בדיקה זו מבוצעת כחלק מהסקר הביוכימי בשליש השני להריון