קיים קשר בין זמן הריצה של תכנית הסימולציה על המחשב לבין הערך של שעון הסימולציה.

מצב המערכת בכל רגע נתון מוגדר גם על ידי הזמן שחלף (במודל) מאז שהופעל • ה"שעון" הוא משתנה מצב מיוחד • יחידות המידה בהן הזמן נמדד אינן חשובות אך נוח בד"כ להחזיק את כל הפרמטרים ואת משתנה השעון באותן יחידות