Discuss, Learn and be Happy דיון בשאלות

help brightness_4 brightness_7 format_textdirection_r_to_l format_textdirection_l_to_r

באלגוריתם ,BLAST ככל שרמת הסף T גבוהה יותר, מרווח החיפוש מצטמצם. כתוצאה מכך, האלגוריתם צפוי לרוץ מהר אך הרגישות תקטן.

1
done
by
מיין לפי

באלגוריתם ,BLAST רמת הסף T קובעת את גודל השכונה של מילה מסוימת. בתלות במטריצת הציונים, ככל שערך T גדול יותר, כך השכונה גדולה יותר.

1
done
by
מיין לפי

הייחוד של אלגוריתם BLAST הוא ביכולת לזהות מילים מבודדות עליהן ניתן להפעיל את שלבי הסריקה וההתארכות.

1
done
by
מיין לפי

ערךE הוא מספר ההשוואות הצפוי להתקבל באופן אקראי שיהיה להם ציון זהה או גבוה יותר לציון שהתקבל בהשוואה מסוימת.

1
done
by
מיין לפי

לפי משוואת Karlin-Altschul , הערך E (קיצור של Value (Expect תלוי בציון ההתאמה ובגודל של מרחב החיפוש הנקבע על-ידי האורך של השאילתה וגודל מסד הנתונים.

1
done
by
מיין לפי

ב,BLAST- שימוש בalgorithm- Two-hit מאפשר להרחיב את מרחב החיפוש ולשפר את המהירות של חיפושי BLAST

1
done
by
מיין לפי

BLAST מוגדר כאלגוריתם לוקלי כיוון שהוא מאפשר חיפוש במסדי הנתונים הלוקלים של NCBI

1
mood
by
מיין לפי

BLAST מוגדר כאלגוריתם גלובלי כיוון שהוא מאפשר חיפוש במסדי הנתונים הגלובלים של .NCBI

1
done
by
מיין לפי

נשתמש בBLASTX- במצבים בהם אנו רוצים לחפש במסדי הנתונים הומולוגים של חלבון מסוים ללא הסתמכות על האנוטציות הקיימות.

1
done
by
מיין לפי

נשתמש בTBLASTN- במצבים בהם אנו רוצים לזהות מהם החלבונים המקודדים בתוך רצף נוקלאוטידים מסוים.

1
done
by
מיין לפי