Discuss, Learn and be Happy דיון בשאלות

help brightness_4 brightness_7 format_textdirection_r_to_l format_textdirection_l_to_r

ניתן ליצור את מטריצת ההסתברויות PAM250 באמצעות הכפלה של מטריצת PAM1 בעצמה סך הכל 250 פעמים (PAM1250)

1
done
by
מיין לפי

הכפלה חוזרת של מטריצת ההסתברויות PAM1 בעצמה (PAM1250) מאפשרת לדייק את הניקוד הניתן בחיפוש אחר הומולוגים קרובים.

1
done
by
מיין לפי

במטריצת ההסתברויות PAM250 הערכים על האלכסון הם הגדולים ביותר ביחס לערכים בעמודה המתאימה בעוד שבמטריצת PAM1 לא כל הערכים על האלכסון הם הגדולים ביותר.

1
done
by
מיין לפי

במטריצת PAM הערכים על האלכסון מלמדים על ההסתברות שחומצת אמינו לא תשתנה.

1
sentiment_very_satisfied
by
מיין לפי

ככל שעולים במטריצות ההסתברויות מ PAM1 לPAM250- הערכים על האלכסון הולכים וקטנים.

1
done
by
מיין לפי

ציון חיובי במטריצת הציונים מעיד על כך שהסיכוי שקיימת קרבה אבולוציונית בין שתי חומצות אמינו הנמצאות זו מול זו בהשוואת רצפים גדול יותר מהסיכוי ששתי חומצות האמינו נמצאות זו מול זו במקרה.

1
done
by
מיין לפי

אזור הדמדומים מתייחס למרחק האבולוציוני התואם ל20%- זהות בין שני חלבונים. שני חלבונים המכילים 20% חומצות אמינו זהות עשויים להיות הומולוגים, על אף שיהיה קשה מאוד לאתר את ההומולוגיה ביניהם.

1
done
by
מיין לפי

מטריצת BLOSUM62 הינה ברירת המחדל עבור כל יישומי החיפוש של NCBI BLAST

1
done
by
מיין לפי

מטריצת BLOSUM62 הינה ברירת המחדל עבור יישומי החיפוש כגון ,BLASTP ,BLASTX , TBLASTX-ו TBLASTN

1
done
by
מיין לפי

מטריצות PAM בעלות מספר גבוה ומטריצות BLOSUM בעלות מספר נמוך הן המתאימות ביותר לזיהוי של הומולוגים רחוקים מאוד כגון בטא גלובין ומיוגלובין מבני אדם.

1
done
by
מיין לפי