ציון חיובי במטריצת הציונים מעיד על כך שהסיכוי שקיימת קרבה אבולוציונית בין שתי חומצות אמינו הנמצאות זו מול זו בהשוואת רצפים גדול יותר מהסיכוי ששתי חומצות האמינו נמצאות זו מול זו במקרה.
אזור הדמדומים מתייחס למרחק האבולוציוני התואם ל20%- זהות בין שני חלבונים. שני חלבונים המכילים 20% חומצות אמינו זהות עשויים להיות הומולוגים, על אף שיהיה קשה מאוד לאתר את ההומולוגיה ביניהם.