במחקר חלבונים, מדען משתמש גם ב-size exclusion chromatography (SEC) וגם ב-tandem mass spectrometry (MS/MS). איזו מהאפשרויות הבאות מתארת בצורה המדויקת ביותר את תפקידי השיטות וכיצד הן משלימות זו את זו?
His-tag (תג היסטידין) הוא רצף קצר של חומצות האמינו היסטידין (בדרך כלל 6 – נקרא גם 6xHis), שמצורף לקצה של חלבון (למשל GFP) כדי לאפשר ניקוי (purification) פשוט ויעיל של החלבון.
היסטידין נקשר בצורה חזקה ליוני ניקל (Ni²⁺) שנמצאים על גבי מצע כרומטוגרפי (למשל Ni-NTA resin).
כך אפשר לבודד רק את החלבון המתויג מתוך תערובת של חלבונים בתא.
❌ למה שאר התשובות לא נכונות:
מאפשר לחלבון להאיר באור פלואורסנטי – זו תכונה פנימית של GFP, לא של ה-His-tag
מונע פירוק חלבון בליזוזום – אין קשר בין His-tag והגנה מפירוק
משמש כאתר קישור לנוגדנים בפעולה של ELISA – His-tag לא משמש ל-ELISA, אלא לכרומטוגרפיה
שיטת ברדפורד (Bradford assay) היא שיטת כימות צבעונית שנועדה למדוד את ריכוז החלבון בדגימה ביולוגית.
מבוססת על שינוי צבע של הצבע Coomassie Brilliant Blue כאשר הוא נקשר לחלבונים.
שינוי הספיגה באורך גל 595 ננומטר מאפשר לחשב את כמות החלבון באמצעות עקומת כיול.
יתר השאלות:
❌ לזהות חלבונים ספציפיים ע"י נוגדנים – מתאים ל־Western blot / ELISA.
❌ לבדוק ניקיון חלבון – מתאים יותר ל־SDS-PAGE או כרומטוגרפיה.
❌ להפריד בין חלבונים בעלי משקל שונה – זו מטרת SDS-PAGE או Size-Exclusion Chromatography.
לכן מטרת שיטת Bradford במעבדה היא כימות של חלבון — לא זיהוי ולא הפרדה.
מה ההבדל המרכזי בין צביעת Coomassie לבין Western blot בניסוי שביצענו?
הסבר:
TNF-alpha הוא ציטוקין מסיס שמופרש מתאים (למשל מונוציטים).
כדי למדוד את כמותו, משתמשים לרוב ב־ELISA או בשיטות דומות לכך שמבוססות על קיטים מסחריים שנועדו למדוד רמות של חלבונים מסיסים בנוזל (כמו סופרןנט).
השיטות הלא נכונות:
❌ צביעת קומסי – משמשת לצביעת חלבונים בג'ל, אבל לא מספקת כימות ספציפי של TNF-alpha.
❌ Western blot – יכולה למדוד TNF-alpha, אבל בתוך התא ולא בהכרח את ההפרשה לסופרןנט.
❌ pH – לא רלוונטי למדידת רמות TNF-alpha.
אם אתה רואה בתרגול שאלה כזו, תמיד חפש תשובה שמתארת כימות של חלבון מסיס בסופרןנט, וזה הכי מתאים ל־ELISA או קיט כימות מסחרי.
Western blot – מבוססת על הפרדת חלבונים בג’ל (SDS-PAGE), העברתם לממברנה, ולאחר מכן זיהוי ספציפי באמצעות נוגדן ראשוני כנגד החלבון המבוקש.
➤ מאפשרת זיהוי איכותי וכמותי של חלבון מסוים מתוך תערובת מורכבת.
שאר האפשרויות:
Bradford – שיטה כללית לכימות סך החלבון, אינה מזהה חלבון מסוים.
Gel filtration – שיטת כרומטוגרפיה להפרדה לפי גודל, לא מזהה חלבון מסוים.
Coomassie staining – צביעה כללית של חלבונים בג’ל, לא ספציפית לחלבון מסוים.
מה ההבדל העיקרי בין השיטה לזיהוי GFP לבין זיהוי TNF-alpha במעבדות?