למה SDS-PAGE מדויק להערכת גודל?
SDS יוצר יחס מטען-למסה אחיד, כך שהשפעת המטען של חומצות האמינו נעלמת.
הדנטורציה מבטלת את השפעת הצורה המרחבית.
לכן, ההפרדה תלויה כמעט אך ורק בגודל, כלומר במסה המולקולרית של החלבון.
באיזה מצב נעדיף לא לבצע דנטורציה לפני הרצת חלבון בג'ל?
היתרון בשימוש בווסטרן בלוט לאחר SDS-PAGE הוא:
זיהוי ספציפי של חלבון באמצעות נוגדנים.
הסבר:
SDS-PAGE מפריד חלבונים לפי גודל בלבד, אך אינו מזהה איזה חלבון נמצא באיזו פס. ווסטרן בלוט מוסיף שלב של זיהוי באמצעות נוגדנים ספציפיים, שמאפשרים לזהות נוכחות של חלבון מסוים מתוך התערובת.
התשובה הנכונה היא:
זיהוי specific של חלבון באמצעות נוגדנים
באיזו שיטה נעדיף להשתמש כשאנחנו צריכים להבדיל בין חלבונים בגודל דומה אך בהרכב חומצות שונה?
אשר רוצים להבדיל בין חלבונים בגודל דומה אך בהרכב חומצות אמינו שונה, יש צורך בשיטה שמפרידה גם לפי מטען וגם לפי גודל.
SDS-PAGE רגיל
מפריד רק לפי גודל (משקל מולקולרי), ולכן לא יספיק במקרה של חלבונים בגודל דומה.
Size-Exclusion Chromatography
גם היא מפרידה לפי גודל, לא לפי הרכב חומצות אמינו.
קומסי בל (Chromatofocusing / Commassie Blue?)
ייתכן והכוונה כאן לא ברורה — אבל אם הכוונה לצביעה כמו Coomassie Blue, זו רק שיטת צביעה ולא הפרדה.
SDS-PAGE דו-ממדית (2D)
כוללת:
איזואלקטריק פוקוסינג (IEF) – הפרדה לפי pI (מטען כולל).
SDS-PAGE – הפרדה לפי גודל.